Sekundære bakterieinfeksjoner kan være forårsaket av stress, feilernæring, håndtering under vaksinering eller transport, dårlige oppdrettsbetingelser, dårlig vannkvalitet, osv

Soppsykdommer forekommer sporadisk hos rensefisk og kan potensielt lede til helseproblemer hos infisert fisk. Hos rognkjeks er det beskrevet episoder med forøkt dødelighet og systemisk infeksjon forårsaket av svart gjærsopp (Exophiala), hvor tre arter, E. angulospora, E. psychrophila og E. salmonis, har vært identifisert. Infeksjon med E. psychrophila har vært rapportert fra rognkjeks i Norge.

Rognkjeks er utsatt for smitte av VHS. Rognkjeks har utviklet sykdom ved eksperimentell smitte av IPN, og er et potensielt reservoir for viruset. IPN er allerede utbredt hos laks. SAV, et alvorlige patogenet hos laks, er ikke oppdaget i rognkjeks.

Viruset cyclopterus lumpus virus (CLuV) eller lumpfish flavivirus har vært hyppig rapportert fra oppdrettet rognkjeks siden 2016, med en gradvis nedgang det siste året. På landsbasis har viruset vært blant de største utfordringene for rognkjeks, særlig i settefiskfasen. Ved sykdomsutbrudd har det vært rapportert om høy dødelighet i anlegg der viruset var påvist. Spesielt leveren får vevsskader ved infeksjon, hvor det kan oppstå massive nekroser av leverceller ved høye virusnivåer. Ved kroniske forløp blir leveren mer skrumplever-aktig, og det spekuleres i hvor stor grad leverfunksjonen er nedsatt på slike fisker. Viruset forekommer langs hele norskekysten, men per i dag diagnostiseres ikke viruset ved Veterinærinstituttet.

Det har i forsøk blitt vist at rognkjeks kan infiseres med nodavirus, og at leppefisk og rognkjeks kan infiseres med infeksiøs pankreasnekrosevirus (IPNV). Ingen av virusene har vært rapportert hos rensefisk i norsk oppdrett. Funn av nodavirus har tidligere vært rapportert fra villfanget leppefisk langs norske- og svenskekysten. Viralt hemoragisk septikemi virus (VHSV) har vært påvist hos villfanget leppefisk og rognkjeks på henholdsvis Skottland og Island, men har ikke vært rapportert fra rensefisk under norske forhold.

Det er beskrevet flere parasitter fra både vill og oppdrettet rensefisk. Spesielt artene Paramoeba perurans, Nucleospora cyclopteri, Trichodina sp., Ichtyobodo sp., Kudoa islandica, Gyrodactylus sp., Caligus elongatus, Eimeria sp. og Ichthyophonus sp. anses som potensielt alvorlige rensefiskpatogener i norsk akvakultur, og kan forårsake dødelighet for fisken. For artene P. perurans, C. elongatus, Anisakis simplex og Ichthyophonus sp. er det også viktig å bemerke at de kan potensielt smitte mellom rensefisk og laks. For A. simplex (kveis) er det viktig å være oppmerksom på at parasitten også kan overføres til mennesker, dersom laksen har spist infisert rensefisk, men kveis er ikke påvist hos laks som er beregnet til konsum.

Amøben Paramoeba perurans (som er årsak til amøbegjellesykdom, AGD) ble første gang påvist hos norsk oppdrettslaks i 2006, og har siden vært påvist hos både rognkjeks og leppefisk. Som hos laks og andre fiskearter gir infeksjoner med denne parasitten patologiske forandringer (proliferasjon og sammenvoksinger) i gjellene hos infisert rensefisk og kan bli et problem ved kraftige infeksjoner. Den har blitt funnet både hos rensefisk i sjø sammen med laks, og hos rognkjeks i karanlegg på land. Det har ikke vært rapportert om noen tilfeller av AGD hos rensefisk i nordre deler av landet.

Oppdrettet rensefisk har mindre risiko fo parasitter en villfanget. Parasitter har også vanligvis høy artsspesifisitet. Et av unntakene er gjelleamøben Paramoeba perurans (AGD), som har lav artsspesifisitet og anses som den største trusselen i merder med rognkjeks og laks. Rognkjeks har blitt smittet med P. perurans i forsøk og utviklet AGD, og kan overføre smitte til laks.

Mikrosporidier er encellede intracellulære parasitter. Hos rognkjeks er spesielt to arter beskrevet, Nucleospora cyclopteri og tetramicra brevifilum. Nucleospora cyclopteri infiserer cellekjernen til hvite blodceller hos infisert rognkjeks, og kan trolig som følge av dette føre til en svekkelse av immunforsvaret til fisken. Infisert fisk utvikler ofte blek og forstørret nyre, med eller uten hvite knuter. I og med at N. cyclopteri ødelegger leukocytter i til dels høyt antall og i store områder, er det sannsynlig at parasitten har en påvirkning på fiskens immunkompetanse. Histologiske metoder som blir benyttet i rutinediagnostikk er ikke sensitive nok til effektiv påvisning av infeksjoner med N. cyclopteri. Nyutviklet in situ hybridiseringsmetodikk viste seg å påvise parasitten i vev hvor den var vanskelig å påvise ved rutinemessige histologiske undersøkelser. Parasitten er derfor mest sannsynlig underdiagnostisert i prøver som kun undersøkes ved hjelp av histologi.

Haptormark Gyrodactylus sp./G. cyclopteri har vært registrert på hud og gjeller hos rognkjeks. Det er mulig at gjelleinfeksjon med Gyrodactylus kan bli et problem i oppdrett, men forekomst av parasitten og eventuelle assosierte skader hos rognkjeks er ikke kartlagt.

Infeksjon med ektoparasitten Caligus elongatus (skottelus) har vært rapportert som et problem hos rognkjeks i flere områder i troms og Finnmark. I enkelte tilfeller har det vært observert opp til flere hundre individer på en fisk. Parasitten danner sår på fisken som også kan gjøre den mottagelig for sekundære infeksjoner med andre agens. Rognkjeks har tidligere blitt vist å være hovedvert for én genotype av skottelus. På grunn av lav vertsspesifisitet kan parasitten potensielt også smitte over på laksefisk.

Fiskekoksider (Eimeria sp.) har vært påvist i tarmkanalen hos både vill og oppdrettet rognkjeks. Hos vill rognkjeks ser de ut til å være svært vanlig forekommende. Helsemessig kan det bli et problem ved oppstalling i tette besetninger, som i en laksemerd, da parasittene spres mye lettere og det er mer stressende enn under naturlige forhold. Det har vært rapportert om tilfeller assosiert med sykdom og dødelighet hos rognkjeks. Det kan også spekuleres om koksidie-infeksjon vil påvirke fiskens appetitt og effektivitet som lusespiser. Koksidie-infeksjon ble nylig rapportert fra to ulike lokaliteter med villfanget grønngylte og berggylt i Rogaland og Sør-Trøndelag.